提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
《平原上的摩西》:成功的改编 全新的创作******
根据双雪涛的中篇小说《平原上的摩西》改编的同名迷你剧在迷雾剧场首播时,确认入围今年柏林影展的剧集单元。这个展映单元的设立以及选片原则,是为了呈现多种放映平台上的当代电影怎样展开“长故事”的叙述。就这一点而言,《平原上的摩西》脱离了观众司空见惯的悬疑连续剧的模式,它更适宜被当作一部7小时的长片。
双雪涛写作《平原上的摩西》,明显地致敬福克纳,借鉴《我弥留之际》的叙事手法,以多视角多声道的独白的混响,拼贴出一段从1990年代到本世纪第一个十年间的东北往事。导演张大磊在改编和拍摄中,把故事的背景转移到同时期的呼和浩特,剥除了原作中“铁西区”“艳粉街”等具有强烈辨识度的地域和时代符号。这并不折损小说文本提供的阐释空间,导演把小说当作一个特别的起点,由此展开了属于他的全新创作。
生活场景中的阴郁抒情
小说以多角色的回忆展开,时间轴是滑动的,不断地从“此刻”回溯到过往的某一刻。最先出场的是男主角庄树的父亲庄德增,他从1990年代初国企改革前夜的“下海”决定讲起,钩沉与庄树母亲傅东心在1980年前后的相亲、成家。剧集回避了这种张扬叙事技巧的跳跃时间线,按部就班地细说从头,开始于傅东心坐公交车去公园赴约,街景不断向她身后退去,不知哪里的喇叭,传出罗马尼亚电影《沸腾的生活》主题曲。即便不知道这支曲子的来历,以沉稳的节奏流过画面的细节,构成了直观的“沸腾生活”。视与听制造的第一印象,让人想起本雅明的这段话:历史是被建构的,建构的重点不是空虚的时间,而是具体的时代,具体的工作,具体的生活。
抱着对“悬疑”的期待打开这部剧集的观众,很可能是失望的,除了第二集和第六集的结尾,剧中没有明确的事件正面爆发,没有戏剧化的冲突,在出场人物身上,很难找到清晰的意志,更没有剧情片常规的“行动”。十多年时光流逝,国营工厂改制,工人新村拆迁,连环杀人案爆发,便衣警察在平安夜横尸贫民窟……本该倾覆生活的剧变和惊人事件,被生活的无数微小尘埃覆盖了。导演把更多的耐心交付给家庭和邻里的生活场景实录:女婿陪丈人喝酒,女儿和父亲商量买什么雪糕,老师带着孩子读《卡拉马佐夫兄弟》。甚至,当大案发生以后,警员们熬夜查卷宗、私服暗访等情节,没有被浓墨重彩地渲染,他们的生活和工作捆绑了,而观众更多看到他们在工作的同时,和普通人一样喝酒、泡澡、吃夜宵。摄影机成了显微镜,镜头前展开了微观的、具体的生活环境,以及活动在这环境里的人们。
剧中屡次引用《卡拉马佐夫兄弟》,整体的剧作气质却多少有些切近契诃夫的意境。年复一年,一代接一代,那么多的欺瞒、背叛和暴力发生过,都是在看不见的“暗场”。创作者搁置了事件和行动,超越社会语境而深入日常生活的内涵,把重心转向刻画人的生存状态,更进一步,深入他们捉摸不定的精神世界,寻找他们隐藏于内心的波动。
小说中,傅东心像是承载了若干现象的容器,起初是委曲求全的知识分子,后来得到“先富起来”的红利,是自我放逐的文艺阔太。剧集最大胆的改编是一开始就用高光照亮了这个和环境格格不入的人。即便海清的表演存在争议,剧作呈现的傅东心也是当下影视剧中的稀缺形象。她不是错生在特殊年代的林黛玉,也不是被糙汉丈夫庇护的女版堂吉诃德。她更多集中了契诃夫笔下一部分角色的特质,既是没有扣动扳机的特里普列夫(《海鸥》),也是下沉得更彻底的柳苞芙(《樱桃园》),她在无法摆脱的环境里因为抱有理想而格外痛苦。傅东心以“熬下去”的状态度过了她的大半生,自甘游荡于“正常生活”的边缘,她的大半生汇聚成一种阴郁的抒情,这也塑造了整部剧集的精神底色。
湖水、平原和枪声
从对“傅东心”的刻画到作品整体的气质,相比小说的冷冽干脆,剧集平添了怀疑和哀怨,这就注定了女主角李斐的结局是两条不同的“路”。
小说尾声,浑然不知李斐惨烈经历的庄树心存幻想,以为童年往事的回忆能把湖水变成平原。最后一句话陡然宕开现实,展开青春尽头的冷酷仙境:“北方午后的微风吹着她,向着岸边走去。”这则结尾,和《刺杀小说家》意趣相通,“信念”介入且暂时地战胜了现实。
而在剧中,李斐把枪口对准自己,虽然这个画面没有正面出现,但她的死是确定的,她的悲剧也是确定的。这个改写,并不是影像用形而下的结论对峙文本形而上的憧憬。一声沉闷的枪响,宛如同时砸在观众大脑和内心的重锤,提醒人们之前看到的“万家灯火”里潜伏着可怕的危机,甚至是能把人摧毁的。
一种彻底的悲剧精神流淌在整部剧集:蒋不凡是个正直的警察,但他在“准时破案”的压力下做出严重错判,最终赔付自己的性命;庄树渴望查清陈年血案,但真相把多灾多难的李斐推入更深的深渊;李斐是最无辜的,12岁的她为了在平安夜见到庄树而对父亲撒谎,这个谎言让他们坐上伪装成出租车司机的蒋不凡的车,引发了蝴蝶效应般的惨剧。他们的生活支离破碎甚至万劫不复,每个人都要为自己的悲剧承担一部分责任,但没有谁应该承担全责——他们面对命运随心所欲的拨弄和玩笑,无可奈何。
导演以耐心的视听节奏铺陈具体的人间悲喜的点点滴滴,诚实地面对人性和人的存在,一旦创作者抒情地陈述具体的人的卑微和局限,以及因此而无法幸免的道德困境,真正的悲剧诞生了。这里没有“我命由我不由天”的豪情,没有摩西在平原上分开湖水,李斐和庄树的命运都脱离了他们的意愿。
卧倒在船上的李斐像死去的天鹅,庄树在染血的湖面上回忆他和李斐共度的童年夏日,比起小说轻灵浪漫的余韵,剧集结束于哀怜的凝视,也是这份“怨而不颂”的哀怜姿态,成就了影像表达中不多见的美学调性。(本报记者 柳青)
(来源:文汇报 2023年2月3日 第6版)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)